[NTLose]

Они будут в windows.old и это не поверх, теперь нет такого понятия. Просто папки windows, users, program files будут запиханы в этот old
Лучше конечно все что нужно слить на сторонние накопители и сделать все начисто

А по теме Вам лучше действительно откатиться на точку восстановления когда гарантированно все работало