Вообще-то Веб сервера хранят свои сайты в /var. Там-же хранят свои рабочие файлы и другие серисы : ftp, ntpd и т.д. и т.п. В этой статейке не указан стандарт, в колтором всё это подробно расписано.
Так, что /var/www - это канонический путь.
PS
http://ru.wikipedia.org/wiki/FHS
http://www.pathname.com/fhs/pub/fhs-2.3.html