[Rolenarim]

1.Отформатируйте диск при помощи любого загрузочного диска (например LiveCD) с выставлением нестандартного размера кластера (только не используйте Acronis). При установке Win выберите "оставить файловую систему без изменений".
2.Да, при разбивке и форматировании при помощи любого загрузочного диска создайте необходимые разделы, отформатируйте только второй в нужном Вам варианте, первый же оставьте созданным, но неформатированным. Первый сможете отформатировать уже в установленной ОС.

P.S.: судя по Вашим запросам, Вы хотите увеличить производительность какого-то приложения. Должен заметить, что увеличение размера кластера может привести не только к увеличению производительности, но и к ее уменьшению. К данному вопросу надо подходить очень обдуманно. И не стоит сбрасывать со счетов то, что при увеличении размера кластера перестанет работать функция сжатия.