Решил проблему сам. Вы наверное не поняли, у меня сама система грузилась, на грузилась лишь среда Windows RE.
Я отчаявшись через bcdedit /delete удалил все записи загрузчика, потом загрузился с диска с системой, он мне снова восстановил, но на этот раз стало работать все, и система и среда восстановления
