Немного поправлю на сегодняшний момент.
В MDT 2012 для того, чтобы применились настройки клавиатуры обязательно включаем пропуск
SkipLocaleSelection и SkipTimeZone (Действительно для MDT 2012,
в MDT 2010 настройки были разнесены по разным окнам, поэтому было достаточно пропускать
только настройки клавиатуры, а именно "
SkipLocaleSelection = YES").
Вот мои настроки в MDT 2012 Update 1 :
Язык самой систем "" Русский.
Язык системы для пользователя Русский.
Раскладка клавиатуры поумолчанию Английская, потом Русская.
Пропускаем настройки локации.
Пропускаем временную зону.
Код:

UILanguage = ru-RU
UserLocale = ru-RU
KeyboardLocale = en-US;ru-RU
SkipLocaleSelection = YES
SkipTimeZone = YES