Sevilho,
здесь расписана разница между системным и загрузочным разделом. Поэтому "/fixboot" будет, имхо, работать с разделом, определенным как "системный". Даже при нескольких девайсах с несколькими активными разделами при их определенной последовательности соединений системным будет считаться один.
С "/fixmbr" сложнее. Вообще рекомендуется применять эту команду на свой страх и риск, а если добавить широкое распространение UEFI, то можно предположить, что команда может не сработать. Поэтому я предпочитаю
bootsect - она гибче и у нее много дополнительных параметров.
