Например, добавьте:
Код:

MsgBox(0, "Bla-bla-bla", "Bla-bla-bla")
после «WinWaitActive». Если Вы не увидите этого сообщения — значит, до этой инструкции очередь исполнения так и не дошла. Тогда разбирайтесь, было ли запущено «SetupCloneCD.exe», называется ли появляющееся (и появляющееся ли?) окно «CloneDVD2 Setup», и содержит ли оно текст «Your computer needs to be restarted. Reboot now?».