SilentSpider

1. Берешь VirtualDubMod, достаешь из одного фильма дорожку со звуком - Streams-Stream list - Demux
Берешьь плейер, который позволяет подгружать звук из файла и смотришь синхронизацию дорожек. Если все в порядке, то
2. Открываешь второй файл - Streams-Stream list - Add - тот файл, что сохранен в п.1
3. Video - Direct Stream copy
4. File - Save as.
Теперь начинается самое интересное. Если синхронизации нет то берешь звуковой редактор и достаешь обе дорожки. Одну - к которой добавляешь - используешь в качестве образца по которому подгоняешь вторую.