Интересная тема. Не понятно, какая ФС на третьем разделе.
Если использовать явное шифрование, то реализуется довольно просто. Вопрос в том, как наши законы к этому относятся. В Великобритании сажают…
http://www.securitylab.ru/news/398262.php
Пара ссылок для изучения:
http://ru.wikipedia.org/wiki/DiskCryptor
http://ru.wikipedia.org/wiki/LUKS
В случае отрицаемого шифрования всё сложнее.
http://ru.wikipedia.org/wiki/Отрицаемое_шифрование
https://www.pgpru.com/forum/praktich...moeshifrovanie (на этом сайте много информации).