Эйзерс, список проигранных треков при шафле сохраняется при:
1. выключении плеера
2. при постановке на паузу/стоп
Список проигранных треков при шафле сбрасывается при:
1. при переходе на другой плейлист
2. при переключении "подряд/шафл"
Если хочется 100% проигрывания плейлиста, можете использовать
плагин AutoSwitchers, который отключает треки после прослушивания и включает, когда весь плейлист проиграется.