Проблема скорее всего в том, что дисковая подсистема тормозит. Для FreeBSD пока нет официальных компонентов интеграции с Hyper-V, вы работаете через крайне медленную эмуляцию IDE. Впрочем, есть
неофициальный патч. Ну и наверняка там не одна виртуалка, да и дисковая подсистема на хосте не фонтан (кстати что там?).
Как по мне, крайне неудачное сочетание гостя/гипервизора. Я бы поменял хотя бы гостя на Linux (для него есть официальные компоненты интеграции), а в идеале и от Hyper-V избавился вместе с виндой. Но это имхо.