Ну если на запущенной системе твик работает, то в нём ошибок нет, Так как при наличии даже одной ошибочной записи в рег файле, он выдаст ошибку импорта.
Это:
Код:
start /wait Windows6.1-KB2533552.msu /quiet /norestart
start /wait Windows6.1-KB2834140.msu /quiet /norestart
start /wait Windows6.1-KB2838727.msu /quiet /norestart
start /wait DotNet45.exe -y -gm2 -fm0
start /wait NDP45-KB2737083.exe /q
start /wait NDP45-KB2742613.exe /q
start /wait NDP45-KB2750147.exe /q
start /wait NDP45-KB2789648.exe /q
start /wait NDP45-KB2804582.exe /q
start /wait NDP45-KB2805221.exe /q
start /wait NDP45-KB2805226.exe /q
Действительно должно нормально ставится на этапе Setupcomplete.
А вот твик если работает на загруженной системе, и не работает на Setupcomplete, то это свидетельствует только о том что какие-то записи не могут быть импортированы в реестр на данном этапе.
Напишите в Setupcomplete типа такого:
reg add "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce" /v
tweak /t REG_SZ /d %windir%\
tweak.cmd /f
Строку
regedit /s %windir%\tweak.reg пропишите в файле
tweak.cmd
Файлы
tweak.cmd и
tweak.reg конечно должны лежать в
sources/$OEM$/$$/
Можно ли запускать reg файлы напрямую из
RunOnce не помню, потому предлагаю 100% рабочий вариант.
Кстати, строка
Windows Registry Editor Version 5.00 пишется только
один раз в самом верху
файла.reg 
