[Shpionus]

Смотря какой твик. У меня на дистрибутивном диске, в файле sources/$OEM$/$$/SETUP/SCRIPTS/SetupComplete.cmd есть пункты:

regedit /s ***.reg

А так-же есть такое:

reg add "HKLM\SOFTWARE\****" /v *** /t REG_SZ /d %***%\****.*** /f

Вместо звёздочек конкретные для каждого случая записи.

Но это всё выполняется ДО первого входа пользователя в систему. Если надо твики для текущего пользователя, то надо в вышеуказаный файл написать к примеру такое:
reg add "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce" /v tvik /t REG_SZ /d %windir%\tvik.cmd /f
Файл tvik.cmd должен лежать в sources/$OEM$/$$/tvik.cmd
И в нём могут быть прописаны всякие regedit /s ***.reg, и прочие команды, окончательной настройки системы.