Валерий_Назаров@vk, маска работает правильно в любом случае. Дело в том, что Ваши файлы «*.jpg_omt» имеют короткие имена в виде «xxxx~N.jpg» (dir /x). Потому они и попадают под маску и копируются.
Возможный обходной путь:
Код:

for %%i in ("*.jpg") do if /i "%%~xi" equ ".jpg" copy "%%~fi" "e:\"