crimes,
Батники не совсем подходят для таких задач (работа с текстом). Варианты на PowerShell:
Код:

$a = gc .\TXTSETUP.SIF
$file = ".\1.txt"
$a | % {
if ($_ -eq "[BootBusExtenders.Load]") { $file = ".\2.txt" }
add-content $file $_
}
Вариант побыстрей:
Код:

$a = gc .\TXTSETUP.SIF
for ($i = 0; $i -le ($a.count-1); $i++ ) {
if ($a[$i] -eq "[BootBusExtenders.Load]") { $ind = $i; break }
}
set-content .\1.txt $a[0..($ind-1)]
set-content .\2.txt $a[$ind..($a.count-1)]
С помощью sed:
Код:

@echo off
setlocal
for /f %%i in ('sed -n "/\[BootBusExtenders\.Load\]/ =" TXTSETUP.SIF') do set "str=%%i"
sed -n "%str%,$ p" TXTSETUP.SIF > 2.txt
set /a str-=1
sed -n "1,%str% p" TXTSETUP.SIF > 1.txt