[Georgio]

Задержка в пять секунд:

Код:

@ECHO OFF
START "" Setup1.exe
ping 127.0.0.1 -n 5 >nul
START "" Setup2.exe

Если для запука второй программы нужно просто ждать завершения первой, тогда так:

Код:

@ECHO OFF
START "" /WAIT Setup1.exe
START "" Setup2.exe