Limus, хорошо бы полный бекап с серверов и баз снять. Ну так, на всякий случай.
Что за запись в реестре для агента 1С - я не понял. По идее обновление платформы не доставит больших проблем.
Вот с базами у меня вопрос. Они (1000 шт.) файловые?! Или вынесены на отдельный сервер баз данных? (MS SQL)
Если на сервер, то обновление Платформы сервер не затронет, ему вообще на платформу будет безразлично.
Обновление клиентов на машинах пользователей.
У нас (~350 АРМ) порой это длится неделю, с групповыми политиками и прочими радостями.