[Misha hm]

Неправильно. В этом случае вам нужна будет полная перекодировка. Вот способ лучше:
- открываете в VDMod avi файл;
- Streams - Stream list - add (выбираете файл субтитров *.srt) - OK;
- Video - Direct Stream Copy;
- File - save as - выбираете тип файла mkv.
Не потеряете в качестве видео и приобретете возможность отключать субтитры.