если правильно помню, то нумерация разделов записывается в mbr, а значит можно написать программку для изменения нумерации.
как бы не хотелось самому в этом копаться и писать, но по всей видимости придется. но нет худа без добра - asm вспомню
... забэкапить бы ничего не забыть