[Ксеноинженер]

kelevara, дело в скобках после DO.

Код:

@echo off
set dir1=C:\
set dir2=D:\
CD /d "%dir2%"
for /f "tokens=*" %%I IN ('dir /b /a-d-h-s "%dir1%"') DO (
IF EXIST "%%~nI" echo %%~nI
)
pause

Вот так сравнивается только имя файла.