Сигнал закрытия крышки передается видимо от геркона. Может быть он не исправен?
Можно попробовать проверить следующим способом. Поставьте команду на закрытие крышки - выключение ноутбука (а не сон, как сейчас). Если с герконом все нормально, то компьютер выключится и надо будет искать в другом направлении. А если не выключится, то надо будет думать как отремонтировать.
