[DVDshnik]

Не принципиально. Можно и так, и сяк, особенно если вентилятор перевёртыш.
В плоских корпусах, где вентилятор доходит до боковой крышки, предпочитаю, чтобы выдувало воздух от процессора. Кстати, в такой конфигурации и рёбра радиотора процессора помедленнее зарастают пылью.