мне кажется все, как всегда, зависит от того, что хочется сделать
если, скажем, речь идет о включении текста (include), то в случае ssi происходит парсинг страницы на предмет поиска директивы и подключении текста, в случае php - парсинг страницы, передача ее интерпритатору и подключение текста, а вот если речь идет о директиве exec cgi, то имхо выигрыш за php (опять же, если пройти всю последовательность действий).
Просто SSI много старше PHP и раньше - это была единственная возможность включения результатов выполнения какого-то скрипта (например, счетчика) в страницу, подключения общих и отдельно лежащих файлов и т.д. (и + остальные его возможности, конечно). Да и первые версии ПХП были жутко тормозящими
Так что (опять-таки сугубое имхо) в наше время пиши спокойно на ПХП и не мучайся
