Решение проблемы
здесь.
Если вкратце, причиной описываемой проблемы стало одно из последних обновлений безопасности - the MS13-036 security update (KB 2823324).
Снести его надо, перезагрузиться, дождаться окончания проверки CHKDSK и работать спокойно.
У меня одним из последствий установки этого кривого апдейта стала утеря Антивирусом Касперского файла лицензии, причём после каждой перезагрузки лицензия снова слетала.