Имхо, в одинарный ковычках не происходит разыменовывание переменной (не подставляется ее значение). Ко всему еще вы в самом HTML тексте (коде JS) пытаетесь вызвать переменную уже отработанного скрипта.
Код:
function win()
{
omap=window.open('','omap','width=700,height=753,top=0,left=0,titlebar=no,toolbar=no,location=no,status=no,menubar=no,scrollbars=no,resizable=no');
omap.document.open();
omap.document.write('<link href="css.css" type=text/css rel=stylesheet><body><center><? echo $maps?>);
omap.document.close();}
этот код должен выполнить php-скрипт - только тогда он выведет нужный код JS со значением $maps
