При условии, что папки находятся на одном разделе:
Код:

@echo off
pushd "D:\incoming"
for /f "tokens=*" %%i in (' dir /b /ad ') do if not exist "%%i\*.!ut" call:1 "%%i" %%~ti
popd
goto:eof
:1
for /f "tokens=1-3 delims=." %%i in ("%2") do (
2>nul md "D:\new\%%k-%%j-%%i"
move %1 "D:\new\%%k-%%j-%%i"
)