by_gangster, IDA, насколько я знаю, умеет только генерировать .diff файлы, в которых различия между оригинальным файлом и измененным записаны в формате:
Код:
offset: old-byte new-byte
Патч нужно делать самому - руками в hex-редакторе. Или напишите утилиту.