[exo]

Не понял как сделать чтобы определенным ящикам присваивалась почта @домен1, а другим @домен2 и т д. »

можно создать политики именования доменов (SMTP) и привязать их к OU. В какой OU будет создаваться ящик, то соответствующий домен и назначится.
в отличие от Exchange 2010, политики SMTP-именования привязываются после создания политики, а не во время. См. свойства политики.

И как в аутлуке они будут работать? Для каждого домена свою учетку заводить? »

прекрасно будут работать. если бля пользователя нужно отправлять почту с двух почтовых ящиков - то две учётки. если один ящик только на приём - его можно записать алиасом.
так же, для первой учётки (назовём её основная) нужно дать полные права для второго ящика. Тогда подключение второго ящика можно делать с помощью учётных данных первой учётной записи.

Мне не удаётся соединиться посредством Exchange connection »

внешний или внутренний клиент?