вскрытие показало, что вложенность тут не при чем: вызываем прямо
http://062.ru/header.shtml и получаем набор отлупов.
Попробуй вместо
include virtual в случае вызова perl-овых скриптов использовать
c cgi. Может полегчает

? (или код менять нельзя и надо .htaccess-ом *работать, или с хостерами общаться?
Добавлено:
упс! все проще:
http://062.ru/cgi-bin/newbanner.pl?n=1
Код:

Internal Server Error
The server encountered an internal error
or misconfiguration and was unable to complete your request.
Please contact the server administrator, admin@062.ru
and inform them of the time the error occurred,
and anything you might have done that may have caused the error.
More information about this error may be available in the server error log.
--------------------------
Apache/1.3.27 Server at 062.ru Port 80
К логам доступ есть?
[s]Исправлено:
mar, 1:20 30-08-2004[/s]