Убедитесь, что делаете таким образом (через Total Commander):
1. В самом верхнем меню Total Commander зайдите в "Конфигурация", выберите "Настройка". В новом окошке слева найдите "Содержимое панелей", щелкните, справа поставьте галочку "Показывать скрытые/системные файлы (только для опытных)" и нажмите "ОК".
2. Ищите кнопку с буквой флешки на панельке, которую я выделил красным:
Если такой панельки с кнопками нет, должно быть маленькое окошко со списком дисков, выберите там свою флешку.
Жмите кнопку флешки, должен открыться список файлов. В этом списке ищите файл autorun.inf и удаляйте его
