El Scorpio,
обычно не возникает.
Хотя слово "обычно" с MS не совсем сочетается.

Сам по себе SQL работает достаточно стабильно (относительно других вещей, тот же Lync доставляет больше хлопот).
Из проблем с которыми столкнулся я (часть возможно была без меня) -- это отключение интерфейсов TCP/IP (в диспетчере конфигурации SQL сервером)
было одно падение.
Вчера отвалилась база из-за переполнения лог-файла. Причем отвалилась хорошо. Пришлось "играть" с attach/detach и создать пару дубликатов. Около часа работа бухгалтерии была парализована. Не уследили за бекапами, позволив пару дней работать системе в полу-нестабильном режиме.
Как таковая служба SQL перезапускается редко.
Чаще перезапускается 1C:Предприятие.
В пользу одной копии SQL также выскажу унифицированность настроек.
Адресуем сервер по имени, MSSQL будет работать на стандартном для него порту, и опять же мы избегаем множественности настроек как на сервере, так и на локальных ПК. В частности тот же брандмауэр.
P.S. Вполне вероятно, что я не умею с ним корректно работать (ЕМНИП я шутки 3 конфигураторов нашел, причем все разные, хотя вроде бы об одном и том же.)
+ я не знаю (за невостребованностью) как настроить программу/мы, для работы с нестандартным портом MSSQL.