[Foreigner]

Если правильно понял

Код:

@echo off
setlocal

set "sdir=c:\test"
set "ddir=d:\test"


pushd "%sdir%" || goto:eof
2>nul md "%ddir%"

for /f "tokens=*" %%i in (' dir /b /ad ') do (

    pushd "%%i"
    set "cnt=100"
    for /f "tokens=*" %%j in (' dir /b /a ') do call:1 "%%j" "%%i"
    popd
    xcopy /e "%%i" "%ddir%\%%~i\"

)

popd
goto:eof

:1
set /a cnt+=1
ren %1 "%~2_%cnt:~-2%%~x1"