[Railnolds]

Перерыл всю справку EndNote - нашёл, что такого как я хотел вначале сделать нельзя. Ссылки, которые находятся во вставленном файле в виде поля не обрабатываются. В справке рекомендуют ручной перенос текста, предварительно преобразовав ссылки на литературу в неформатированные ссылки. После переноса каждой главы в конечный файл можно сделать обратное конвертирование и получить в итоге общий список для всего документа. Только так.

Всё это можно найти в разделе Creating a Bibliography from Multiple Documents (Microsoft Word) справки по EndNote.

Так что придётся переносить вручную. Неудобство такого подхода в том, что для каждого документа будет отдельный список - тяжело проверять будет.