[vunder]

Все гениально и просто!!!
Если строковые данные заключить в обратные кавычки, т.е. `xxx`, то все в этих кавычках будет передана на выполнение командной строке. Так что в твоем случае будет так:

$var=`ftp open www.www.ru`;

Теперь в переменной $var храниться то, что выдал командный интерпретатор