Категорически не советую использовать подстановки и вообще идти по пути наименьшего сопротивления. Программа инсталляции всегда должна точно знать, что переписывает. Как, например, пользователь узнает о тех файлах, которые были переписаны? А скрытые файлы? А убирать за собой как?
Если проблема в набивании имен файлов, то можно легко получить список программ для инсталляции, выполнив DIR /b /s > list.txt из коммандой строки. Открываем потом list.txt в нотепаде (екселе) и "копи-пастим" до посинения.
Еще быстрее написать... программку для составления файла со списком переписываемых файлов.
