[Vitaliy21]

Подхватывает, но "тихо", потому что прописали после REGEDIT ключ /S. »

Тут ключ ни при чём, т.к. после выполнения SFX, изменений в реестре нет, а если вручную запускать рег-файл - то изменения видны. Наверное что-то в конфигурационном файле не так?