Iska,
Понял. Переделал конструкцию на:
Код:

(Echo Echo !cnt0:~-3! - %%j)>>list.cmd
If /I "%%~xf"==".exe" (Echo Start /Wait .\!cnt0:~-3!_%%j\%%~nxf %ParamsExe%)>>list.cmd Else (Echo Start /D.\!cnt0:~-3!_%%j /wait MSIEXEC /I "%%~nxf" %ParamsMsi%)>>list.cmd
Теперь всё работает! Большое спасибо!