[AMDBulldozer]

Существует ли программа, позволяющая по этому времени доступа (чтения/записи) к сектору, устанавливаемому пользователем, отсеять так сказать сектора не отвечающие параметру, заданному пользователем (причем эти сектора помечать как bad-блоки и не использовать их в дальнейшем) и при всем этом задавать вручную новый Reallocated Sectors Count и обновлять Smart HDD с учетом новых параметров. »

Ваш вопрос касается двух абсолютно не связанных друг с другом вещей.
Физический блок может быть определен как "плохой" и переназначен аппаратурой контроллера. Операционная система в принципе не имеет доступа к физическим блокам на диске. Ей доступны логические блоки, которые, по большей частью, соответствуют непрерывному диапазону физических блоков, однако, с определенными исключениями. Доступ к физическим блокам, которые были отмечены как дефектные в процессе низкоуровневого форматирования (выполняется только на заводе в момент изготовления) и тем, в которых были зафиксированы неисправимые ошибки чтения-записи (и переназначенные в резервную область) становится невозможен.
Таким образом, с точки зрения драйвера файловой системы, на диске как бы нет ни одного дефектного блока. На самом деле, они, конечно, всегда есть, но микропрограмма контроллера не предоставляет возможности доступа к этим блокам.
Такое исправление ошибок выполняется исключительно микроконтроллером жесткого диска. Возможность управлять его работой для дисков SATA отсутствует.
Поэтому, ни при каких условиях Вы не сможете "задавать вручную новый Reallocated Sectors Count и обновлять Smart HDD".
С другой стороны, любая файловая система имеет собственные встроенные средства для того, чтобы отметить любой произвольный логический блок как дефектный с тем, чтобы к нему больше не было обращений.
Это действие никак не связано с работой smart и, соответственно, не влияет на атрибуты.

P.S. Не хочу Вас расстраивать, но честно скажу - Ваш диск только выбрасывать. И чем скорее, тем лучше.