Теперь по поводу Вашего сценария. Вы всё-аки не до конца внесли те правки, о которых я Вам говорил.
Оператору "if" не нужны круглые скобки. Это не язык "С". Конечно, во многих случаях они не мешают, но раз уж мы с Вами начали учиться писать сценарии, давайте сразу осваивать хороший стиль программирования.
Поэтому, убираем скобки в "if ([ ! -d $TARGET_DIR ])". Получается "if [ ! -d $TARGET_DIR ]".
Выражение "if !([ ! -f $PATHS_FILE ])" ошибочно в принципе, поскольку содержит ссылку на историю команд (в сценарии она недоступна).
Вполне вероятно, что эта команда может быть выполнена в сценарии (именно благодаря недоступности истории команд). Честно признаться, никогда не проверял. Но она совершенно точно не может быть исполнена в интерактивном режиме.
Так что заменяем Ваш вариант на простой и понятный "if [ ! -f $PATHS_FILE ]".
