Dr. Comp клонировать винты из под Windows не надо.
Разбивка винтов на клонирование не влияет.
Клонирование это создание точной копии содержимого одного винта на другом.
Можно даже клонировать винт меньшего размера на винт большего размера, и на оборот.
Делай это с boot cd.
Например
Hiren’s BootCD по-русски
На этом диске есть все что надо.