1. Например, «psshutdown.exe» умеет принимать список из файла:
Код:

…
-o Logoff the console user
…
@file Shutdown the computers listed in the file specified
…
2. Ничто не мешает запрашивать перечень машин непосредственно в AD.
Полагаю, можно и вовсе обойтись без сторонних утилит, обойдясь одним Wbem'ом.