После того, как проблема появилась вы делали полную переустановку Windows или переустанавливали поверх старой винды?
Если поверх, то такая переустановка могла и не исправить проблему. Лучше все-таки попробовать удалить системный раздел, создать его заново и сделать полное форматирование.
Проблема очень похожа на таймаут одного из драйверов. Ведь вы же пишете, что после тормозов при загрузке дальше все работает достаточно быстро?
Еще я бы
проверил диск на ошибки . Могла испортиться файловая система или появиться bad блоки на диске. Это тоже может быть причиной тормозов. Еще я бы обратил внимание на заполнение диска. Как известно заполнение диска более чем на 80% приводит к фрагментации MFT (master file table). В этом случае наблюдается деградация дисковой подсистемы и это приводит к тому, что компьютер в целом начинает работать заметно медленнее.
Однако мне кажется что полное форматирование и чистая переустановка винды решит проблему.