В статье "Появление сообщения об ошибке «Главное конечное имя неверно» при ручной репликации данных между контроллерами домена"
http://support.microsoft.com/kb/288167/ru описан способ решения подобных проблем.
В моём случае помогла установка одинаковой даты и времени на всех DC.