[WindowsNT]

Я бы посмотрел на несколько вещей:

1. Какие системные программы вы ставите вместе с сервером, считая их безобидными. По факту, это может оказаться не так.
2. Если вдруг система действительно была скомпрометирована, не была ли она переустановлена из заражённого источника. Сканирование всякими AVP — не показатель. Если бы сканирование умело находить все угрозы, все вирусные заражения в мире уже были бы ликвидированы.
3. Может, проблема с драйверами? Специфическая аппаратура?
4. Может, проблемы с диском или контроллером?