[-KeyMaster-]

Да нет, не в программах дело. Например, на моем компьютере в материнскую плату встроена звуковая карта Realtek. Она определяется везде по умолчанию, как основная. И на этом же компе стоит выносная USB-звуковуха Creative. Вот в том же Скайпе в выпадающем меню, относящимся к выбору устройства у меня две строки - одна отвечает за встроенную звуковую, вторая - за внешнюю.
С подобной проблемой однажды столкнулся. Со встроенной звуковой вроде был порядок, звук работал, но в Скайпе была тишина. То есть при звонке никаких звуков не поступало. В конечном итоге оказалось, что так своеобразно померла звуковуха. Решилось все покупкой дешевой USB звуковой карты 2.1 (которая выглядит, как флешка) за 100 с копейками рублей. После этого все нормализовалось.