[Dodj16]

Вариант А: при инсталяции создается запись в реестре на автозапуск нужного вам приложения
Отредактировать в msi файле таблицу Registry путем добавления новой строки с параметрами
Registry: NameOfYourRegEntry - имя вашей новой записи в данной таблице
Root: 2 для записи в HKLM или 1 для HKCU
Key: Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
Name: ProductName - имя собственное нарицательное
Value: "[INSTALLDIR]Application.exe" -путь к исполняемому файлу. Путь можно указать и хардлинком "c:\Program Files\Install dir\Application.exe"
Component_: Component name - имя компонента, при инсталяции которого данная реестровая запись будет внесена в реестр. Если планируете писать в HKLM найдите компонент к которому привязан ваш исполняймый файл, если в HKCU то найдите любую запись в таблице Registry с Root= 1 и возьмите Component name оттуда- в большинстве случаев будет работать.
Для нахождения к какому компаненту привязан ваш ЕХЕ, таблица File смотрите связку Component_ - FileName.

В варианте Б, запись добавляется в таблицу Shortcut. Если будет интересно-спрашивайте, распишу подробней.