На прошлой неделе попалась новая плата от ASUS, которая не хотела нормально работать с MBR - диском в режиме AHCI. А в обычном режиме sata с SSD диском как-то грустно.
Пришлось разбираться с UFI.
Почитайте вот это и по ссылкам из статьи.
http://technet.microsoft.com/en-us/l...=ws.10%29.aspx
MSR раздел не нужно сохранять и восстанавливать. Это просто резервируется место.
На счет EFI не совсем понятно. В одной из статей - надо сохранять в отдельный WIM, в другой - просто применить команду
Код:

rem === Copy boot files to the System partition =========
W:\Windows\System32\bcdboot W:\Windows /s S:
Так, что надо пробовать.