Причина оказалась в самом SEP. Эта проблема существует во всех версиях, начиная по меньшей мере с 2009 года.
Подробности здесь:
http://forum.ixbt.com/topic.cgi?id=4:114297-31#913
Лечение существует только временное, т.е. которое помогает только до того момента, пока снова этот Троян (Generic Trojan) не окажется в системе - заключается лечение в очистке папки карантина.