Limonica, значит на днях выпущу ещё одно обновление, с добавлением данного переключателя, так сказать, чтобы было всё официально
А пока, могу вам посоветовать вот что:
1. После компиляции проекта, откройте файл
NSIS\Source.nsi (если вы другие проекты не компилировали после вашего, можете сразу открывать данный файл) любым текстовым редактором
2. Вставьте после строки
Код:

OutFile "......"
Вот эту строку:
Код:

SetOverwrite try
При данной команде инсталлятор не будет перезаписывать файл, если его невозможно скопировать
Если не сработает, то ставьте вот так:
Код:

SetOverwrite off
При данной команде инсталлятор не будет перезаписывать никакие файлы, если они уже существуют на диске
3. Сохраните изменённый файл
4. Запустите
NSIS\compile.bat для повторной компиляции проекта