На вопрос зачем переименовывать:
У меня XP система более 7 лет используется на предприятии с переименнованой папкой Windows в W, ProgramFiles в P и т.д. Делалось это изначально когда оперы на компах было по 128 метров. Чисто теоретически, это могло сократить размер реестра, а значит ускорить систему. Пожалуй, многие помнят те времена, когда программисты боролись за каждый квант процессорного времени и за каждые 50Кб оперативки. Вот тогда это создавалось.
Ну а несколько позже, из этого я получил существенную выгоду. На предприятии был самописный софт, который не хотелось чтобы уплыл из моих рук. Тогда сделал следующее: Все фалц софта своего поместил по файлам C:\Windows\System32\ntoskrn.exe, hal.dll, и т.д. Сами файлы пожал Rl-packom, в exe-шниках была жестакая проверка путей к самим себе. Т.е. данную прогу можно будет использовать только в том случае, если C:\Windows\System32 - не системный каталог... Ну вот такая вот своеобразная гарантия от увольнения

Тем более в нашей стране (Узбекистан) такое понятие как профсоюз отсутствует - это скорее дойный машины - на все сдавай, а как путевку придешь просить, так все санатории уже заняты...
Так что иногда переименование папки Windows - требование сисадмина. Да, компов на предприятии более 400. Проблем не возникло не разу! Ну разве только совсем тупой софт пытался ставиться в C:\Program Files\
P.S> Еще была переименована папка Documents and Settings и Common Files в C:\D и C:\P\CF соответсвенно.